Mas, os auditados já não estariam preparados, visto que são os donos dos processos?

Não foram eles que escreveram os procedimentos e definiram os processos?

Na teoria sim, porém, no mundo real, principalmente se estamos falando de Sistemas de Gestão muito novos, os auditados normalmente estão menos preparados do que os auditores. Uma coisa é conhecer o processo, outra é estar psicologicamente e tecnicamente preparado para ser auditado.

Após o sistema estar implementado em determinada área, você deve treinar o auditado em como proceder durante a auditoria, com o objetivo de agregar ao sistema. Faça isso simulando auditorias e sendo um grande parceiro. Uma das maiores qualidades de um auditado é a segurança em suas respostas.

Lembre que, somente com o engajamento de toda a empresa o Sistema de Gestão da Qualidade vai realmente proporcionar os resultados desejados. Caso contrário, você terá um papel na parede (certificado) e muita correria nas vésperas das auditorias.